实验动物房根据对微生物控制的程度，可分为开放系统、屏障系统和隔离系统3类。开放系统饲养普通动物;屏障系统饲养无特定病原动物（SPF动物）；隔离系统饲养无菌动物及悉生动物。一般除普通动物房外均为洁净动物房。
医学动物实验室设计建设要求：
1.实验用动物房选址要求
洁净动物房应建在环境清洁安静，地势高燥，排水、通风良好，水、电供应有保障的地方。尽量远离工厂、繁华居民区、屠宰厂、畜禽场，以及有疫源威胁和公害污染的地区。生产和科研单位的动物房宜单独建筑在一个小区内，与其他部门隔离。
2.SPF级动物房
布局：洁净动物房一般由饲养室、健康观察室、隔离检疫室、各种实验室（外科手术、实验处理解剖、术后管理、疾病诊断、治疗、生理生化检查、微生物检疫、饲料营养分析和特殊饲料的调制室等），以及贮藏室、清洁准备室、洗涤消*室、工作人员用房（包括办公室、淋浴室、更衣室等）、走廊(清洁区和污染区)、废弃物处理设施、机房和变电所等组成。其平面布置，应使人、动物和物品的流动路线合理，作业方便。
3.微生物是控制重点
生物洁净技术控制对象应为室内空气生物污染因子，主要包括细菌、真菌、病*、藻类、原虫、螨虫及其排泄物、微小植物残体、生物体有机成分等。其中，微生物体积很小，但其新陈代谢的能力很强，生长繁殖速度惊人。它们很容易在很短的时间内产生大量变异的后代。其适应能力极强，即使在极端环境条件下也能生存繁殖。微生物是活的粒子，无处不在，无时不有，只要条件合适就会产生大量生物污染因子，对人类始终存在危害风险。生物洁净技术控制重点是微生物，这也是它与普通空调或工业洁净技术最大差异所在。
4.并非消灭所有微生物
不同的应用场合微生物浓度控制要求也不同，并非一个微生物也不能有，应容许有一定的控制浓度。国标《空气质量标准》GB/T-规定，一般室内场所只需控制微生物总数低于CFU/立方米（CFU为菌落单位）。采用良好的通风完全可以达到这个标准，空调器内的部件与空气过滤网也只需清水擦洗，不必采用化学消*或抗菌措施。而医院的消*卫生标准GB-医院一般诊疗场所也只需控制CFU／立方米以下，常规消*就可以达到。传染病房即使生物安全实验室控制的主要对象也是致病菌。国外相关标准没有对送风提出净化处理或室内洁净度的要求。国内标准因为考虑到大气尘埃浓度较高，对于排（回）风口设置高效过滤器的场所，才要求对新风进行净化处理，以延长高效过滤器的寿命，但并非是指洁净无菌送风更有利于对室内致病菌控制。
空气品质改善与医疗或生物实验场所经空气途径感染的控制是两个概念，控制手段与设施完全不同，大气杂菌大多是真菌，几乎没有致病菌，不能要求所有家用普通空调器都具有杀菌功能，而大多数抑菌措施均可以采用；只有对于处理高致病性病菌的生物安全实验室、隔离病房以及高度无菌的病房、洁净手术室等场所才采用特定的空调系统。
严格区分清洁区域和污染区域，以保证人和动物的健康，确保实验的准确性（人、动物和物品的流动路线见图）。饲养室的平面尺寸根据饲养量、饲养方式，笼具架规格、排列方式、室内环境、饲养管理及操作方式等综合研究确定。为了避免温、湿度在垂直方向出现梯度,笼架高度不宜超过1.8米,顶棚高应在2.2～3米范围内。走廊宽度要便于操作和搬运物料及器材,以不小于1.3米为宜。清洁准备室的大小,须根据作业内容和消*灭菌装置等设施占用的空间确定。
建筑：实验动物房不应受到外环境污染，应有较高的洁净度，并且为密闭、室内墙壁、顶棚、地面应光滑易清洁，不留死角，尽量少开洞。因此，传统做法是在实验室的建设中，其墙面、顶棚均采用防火彩钢板，地面为环氧树脂自流平3mm厚，接口密封后采用铝合圆角处理。
气压：洁净动物房要求无菌、无污染性及其对工作人员及外环境基本不产生危害，它在气压、气流设计安排上应为有高到低即：清洁走廊（50Pa）→工作室（35Pa）→污染走廊（20Pa）→前处理室（10Pa），通过集中排风管道，经适当中和处理排向大气。此外由于实验动物在其观察饲养及实验阶段对其生活环境条件具有较高的要求，在洁净度、温度、湿度、风速、照度等方面要求较高，因此在其设计和建造中也是应该考虑的重要因素之一。
消*：物料进出实验室要消*处理，洁净动物房一般选择过墙传递式高压灭菌消*锅。
5.实验动物房一般要求
清洁准备室的大小,须根据作业内容和消*灭菌装置等设施占用的空间确定。清洁准备室、清洁走廊同洗涤室以墙壁隔开，墙壁绝不允许出现裂缝。
地面要平而不滑，不渗水、不漏水、耐药液腐蚀和耐磨损。对环境要求严格的房间，还要考虑选择发尘低的材料。墙地交角应圆滑无棱角。内墙壁应平滑、耐水、耐磨、耐消*液腐蚀。墙与墙、墙与顶棚或梁的夹角应圆滑无棱角。顶棚一般不承受压力，使用涂有防水材料的薄水泥板，能经受水冲和消*水腐蚀。
饲养室通常不设外窗，饲养室之间也不设内窗，以避免干扰。饲养室的门，宜采用铝合金密封门，开启方向须注意室内外压差。屏障与非屏障之间的门，应设置非满足一定条件不能开启的装置。
木结构一般只作为简易的临时建筑；混合结构多为单层建筑。钢筋混凝土框架结构的整体性好,变形小,宜在多层建筑中采用。钢骨架、用镀锌波纹金属板、内镶聚苯乙烯硬泡沫塑料板做保温层的围护结构具有较好的气密保温性能。
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